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Struktur eines Antikörpers (IgG1)

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Der Vergleich der IgG2a-Struktur (PDB entry 1IGT) und der IgG1-Struktur (PDB entry 1IGY) zeigt die Flexibilität der Hing-Region:in beiden Strukturen ist das FC-Fragment gleich ausgerichtet, aber die beiden Fab-Arme zeigen in unterschiedlicher Richtungen. Diese Flexibilität erschwert die Kristallisation von intakten Antikörpern. Daher enthalten die meisten Strukturen von Antikörper-Antigen-Komplexen in der PDB Datenbank Strukturen nur Fab- oder Fv- Fragmente des Antikörpers. Durch Verdauung von monoklonalen Antikörpern mit der Protease Papain wird die Hinge-Region zerstört, und die Fab-Fragmente können aufgereinigt werden. Durch Verdauung mit Pepsin erhält man (Fab)2-Fragmente, in denen ein Teil der Hinge erhalten ist und die zwei Fab-Fragmente noch über Disulfidbrücken zusammenhängen.

Einzelne Domänen, Fv-Fragmente und Fab Fragments können heutzutage auch als rekombinante Proteine in E. coli produziert werden. In diesem Fall wird häufig das Single-chain Fv Format eingesetzt: Eine VL und eine VH Domäne , die durch einen flexiblen Peptid-Linker von 15-20 Aminosäuren Länge verbunden sind. Kürzere Linker führen zur Dimerisierung (Diabodies), da der Linker zu kurz ist, um die korrekte Paarung der beiden Domänen über eine intramolekulare interaktion zu erlauben.

vollständiges IgG1 Molekül
Fab2-Fragment
Fab-Fragment
Fv-Fragment
Hinge
FC-Fragment
VL-Domäne
CL-Domäne
VH-Domäne
CH-Domäne
CH2-Domäne
CH3-Domäne

Last changed by: A.Honegger, 8/8/08